Στην εργασία αυτή παρουσιάζεται τμήμα μιας μεγαλύτερης έρευνας που ασχολείται με την διδακτική επεξεργασία των εννοιολογικών εμποδίων των φοιτητών Παιδαγωγικού Τμήματος, που συνδέονται με το Κβαντικό Ατομικό Πρότυπο, όπως αυτά διαπιστώνονται από την βιβλιογραφική έρευνα και την πιλοτική εμπειρική μελέτη. Επίσης, περιγράφεται η ανάπτυξη του εκπαιδευτικού λογισμικού το ‘Κβαντικό Άτομο' ως Εκπαιδευτικό Εικονικό Περιβάλλον (ΕΕΠ), το οποίο χρησιμοποιήθηκε για τη διδακτική επεξεργασία ενός από τα πέντε ‘εμπόδια - στόχους'. Το εννοιολογικό αυτό εμπόδιο συνδέεται με την οπτικοποίηση των επιφανειών ίσης πιθανότητας και των ηλεκτρονιακών νεφών πιθανότητας για διαφορετικές ενεργειακές καταστάσεις του ατόμου. Κατά την αλληλεπίδρασή τους με το ΕΕΠ οι φοιτητές οδηγούνται στη δημιουργία νοητικής σύγκρουσης για την αποσταθεροποίηση του εμποδίου και την υπέρβασή του. Από την ποιοτική ανάλυση των μαθησιακών αποτελεσμάτων προκύπτει ότι η αλληλεπιδραστικότητα και οι τρισδιάστατες δυναμικές οπτικοποιήσεις που χαρακτηρίζουν τα ΕΕΠ συντελούν στην υπέρβαση του εμποδίου σε ικανοποιητικό βαθμό.