Στην παρούσα εργασία περιγράφεται η ανάλυση των αντιλήψεων των μαθητών για τη χημική αντίδραση με βάση το θεωρητικό πλαίσιο της Βοσνιάδου για τα νοητικά μοντέλα. Οι αντιλήψεις των μαθητών διαπιστώθηκαν από έρευνα σχετική με τις γνώσεις και τις γνωστικές δεξιότητες που αποκτούν οι μαθητές από το μάθημα της Χημείας. Το δείγμα της έρευνας αποτέλεσαν 499 μαθητές Γ΄ τάξης Γυμνασίου και 624 μαθητές Β΄ τάξης Λυκείου σχολείων των νομών Αττικής, Βοιωτίας, Ηρακλείου Κρήτης και Θεσσαλονίκης. Τα σημαντικότερα αποτελέσματα της ανάλυσης αυτής είναι ότι από τις αντιλήψεις των μαθητών για τη χημική αντίδραση, εκτός από το επιστημονικό μοντέλο της χημικής αλληλεπίδρασης, εξάγονται τέσσερα ακόμα νοητικά μοντέλα: (α) μετακίνηση μιας ουσίας, (β) αλλαγή μορφής, (γ) ανάμειξη ουσιών, και (δ) μετατροπή μιας ουσίας. Τα μοντέλα αυτά περιορίζονται από τις οντολογικές προϋποθέσεις των μαθητών πως οι ουσίες είναι σώματα σταθερά που δεν αλλάζουν, και πως η ταυτότητα ενός σώματος καθορίζεται από ένα σύνολο παρατηρήσιμων ιδιοτήτων.